Компания может осуществлять деятельность по технической защите конфиденциальной информации. Данная лицензия позволит предоставлять и оказывать работы и услуги по проектированию в защищенном исполнении: средств и систем информатизации. А также обеспечивать контроль защищенности конфиденциальной информации от несанкционированного доступа и ее модификации в средствах и системах информатизации. Выполнять установку, монтаж, наладку, испытания, ремонт средств защиты информации.
Информационная безопасность персональных и конфиденциальных данных особенно важна для критической инфраструктуры, например, такой, как транспортная система. Компания ЕНДС с 2020 года участвует в реализации национального проекта «Безопасные и качественные автомобильные дороги» по созданию интеллектуальных транспортных систем в городских агломерациях. Проводит оснащения городской среды цифровыми объектами («умная» остановка, комплексы дорожных метеостанций, цифровые светофоры с гибким управлением потоков). Данные, которые поступают от различных источников, требуют качественных программно-технических средств защиты. 
- Внедрение высокоавтоматизированных транспортных средств и умных систем всегда связан с угрозами влияния на него извне и изнутри, поэтому тут нужна глубокая проработка рисков, оценки уязвимостей, причем в уже текущем программном коде, - отмечает генеральный директор ЗАО ГК «НАВИГАТОР» Александр Сёмкин. - Сейчас требования к безопасности ИТС пока еще не сформулированы в полном объеме, но мы понимаем, что когда это произойдет, нужно будет обеспечить защитой не только софт, но и «железо». Кибербезопасность, с точки зрения информационной безопасности, включает три составляющие: безопасность содержания информации, целостность и достоверность. С точки зрения кибербезопасности, важнее защита от подмены и искажения. И в этой части у нас есть уже определенные решения.
Отметим, что наряду с компанией ЕНДС в составе группы компаний «НАВИГАТОР» предоставляет услуги в области защиты информации научно-технический центр «ФОБОС-НТ». Центр занимается информационной безопасностью, имея для этого аккредитацию и аттестацию испытательной лаборатории ФСБ и ФСТЭКа. В том числе предлагает широкий перечень услуг по вопросам обеспечения безопасности объектов критической информационной инфраструктуры.